В апреле 2002 года Областной учебно-производственный Центр художественного творчества получил статус Государственного музея художественной культуры Новгородской земли.
В 2007 году музей был избран коллективным членом Петровской академии наук и искусств.
Первые произведения искусства были подарены профессиональными ведущими художниками города Центру художественного творчества 8 апреля 1994 года, таким образом, заложив фундамент будущего музея. Это стало хорошей традицией при проведении персональных и групповых выставок.
Уже 12 апреля 1994 года открылась первая выставка изобразительного и декоративно-прикладного искусства, где были представлены произведения 27 профессиональных новгородских художников.
Постепенно в период с 1994 по 2002 год сформировалась коллекция искусства новгородских художников второй половины 20 века, насчитывающая 2000 единиц хранения.
17 марта 2011 года была открыта экспозиция «Музейный цех фарфора», созданная в рамках проекта "Синий кобальт уходит в музей", проект стал победителем 2010 года Российского конкурса "Меняющийся музей в меняющемся мире", проводимого фондом Владимира Потанина.
В 2012 году проект "Синий кобальт уходит в музей" признан лучшим реализованным проектом сезона 2010 года и стал участником международной выставки "Музейный гид 2012" в Москве.
16 февраля 2012 года открыта экспозиция «Культурное наследие Новгородских монастырей», созданная благодаря победе в 2011 году музея в грантовом конкурсе «Музеи Русского Севера». Конкурс проводился в рамках Программы ОАО «Северсталь» по поддержке деятельности музеев изобразительного искусства «Музеи Русского Севера», организационный партнер Благотворительный фонд Великобритании CAF Россия.
2019 году, в ходе проекта «Обращение к истокам», который стал победителем Международного грантового конкурса «Православная инициатива 2018-2019», проводимого по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла, была произведена адаптация экспозиции «Культурное наследие Новгородских монастырей» для слабовидящих и создан комплекс работы с детьми и подростками с ограниченными возможностям и здоровья.
В 2013 году Музей реализовал выставочный проект «Бывают крылья у художников», который был поддержан Министерством культуры Российской Федерации в рамках творческого проекта КРОО "АРТ-СОДРУЖЕСТВО" «Изобразительное искусство Северо - Запада: от петроглифов к Новой реальности». В ходе реализации проекта была организована выставка «Бывают крылья у художников» из фондов Музея, оцифровано 35 % произведений из коллекции музея, сформирована передвижная версия выставки для демонстрации в малых и средних городах Новгородской области, отреставрировано 20 произведений из фондов Музея.
С 2014 по 2019 год идёт работа над проектом «Реставрация Ансамбля Путевого дворца: Путевой дворец, амбар каменный, ограда с воротами, усадебный парк, фруктовый сад», в рамках реализации подпроекта больших «окон» проекта Всемирного банка «Сохранение и использование культурного наследия в России», в результате в здании Путевого дворца 4 октября 2019 года начало свою работу обособленное подразделение Музея - «Музейно – культурный центр».
С 2014 по 2016 год идет работа над проектом «Создание творческого кластера для инвалидов «Открытый мир».
В результате был создан творческий кластер для инвалидов, который объединил постоянную экспозицию "Музейный цех фарфора", адаптированную для работы с незрячими и слабовидящими посетителями и в 2016 году открывается новый объект Арт-площадка «Территория равных».
В 2019 году опыт работы музея по арт-терапии с детьми с признаками РАС и с РАС на Арт-площадке «Территория равных» был признан лучшим в номинации «Обеспечение доступности услуг в социальной сфере» Всероссийского конкурса лучших практик и инициатив социально – экономического развития субъектов Российской Федерации.
В 2020 году новым объектом музейного показа становится Музейно-мемориальный комплекс в деревне Жестяная Горка - первый памятник в России, посвященный трагической судьбе многих тысяч мирных жителей, погибших в годы Великой Отечественной войны от рук нацистских палачей, созданный в рамках федерального проекта «Без срока давности».
2015 - 2017 год в музее реализуется проект «Техническое переоснащение Государственного музея художественной культуры Новгородской земли для динамического развития экспозиционной деятельности» в рамках реализации подпроекта малых «окон» проекта Всемирного банка «Сохранение и использование культурного наследия в России». Благодаря участию в проекте Музей приобрел уникальное оборудование - современный светотехнический и звуковой комплекс, с помощью которого происходит демонстрация в едином панорамном пространстве в круговой 360˚ мультимедийной презентации. В основе информационного наполнения презентации лежат видеоролики с анимированными элементами картин и иллюстративного материала, видеосюжетами и фотоматериалами, элементами 3D графики и анимации. Также в рамках проекта в музее была оборудована презентационная зона в холле музея с информационно-рекламными световыми коробами и информационными мониторами, Музей приобрел мебель для зоны творчества, экспозиционно-выставочное оборудование, декор на окна и установил в выставочных и экспозиционных залах современную систему освещения.
В 2016 году музей реализовал проект «Оснащение Государственного музея художественной культуры Новгородской земли комплексной унифицированной системой обеспечения сохранности и безопасности музейных предметов» в рамках реализации подпроекта малых «окон» проекта Всемирного банка «Сохранение и использование культурного наследия в России». Благодаря реализации подпроекта Музей оборудован по самым передовым технологиям новой системой безопасности и оснащен оборудованием для фондохранилища со специализированными системами хранения коллекций живописи, графики, скульптуры, архивных материалов.
С 4 сентября 2020 года по 3 апреля 2022 года в музее был реализован межрегиональный выставочный проект «Географика Новгорода». Основная часть экспонатов выставки происходила из частной коллекции Алексея Финикова (г. Санкт-Петербург), также в пространстве выставки были представлены произведения новгородских авторов из фондов Музея. Директор выставочного проекта Светлана Тарасова.
В 2022 году благодаря победе в областном конкурсе инновационных проектов «Новгородика» на территории Десятинного монастыря появился арт - объект «Рукопись Десятинного монастыря».
В 2023 году в рамках национального проекта «Культура» фондохранилище музея оборудовано специализированными стеллажами для экспонатов коллекций «Живопись», «Скульптура», «Декоративно-прикладное искусство» и драйверными шкафами для хранения графических произведений. Для сотрудников фондовой службы приобретены комплекты оборудования, необходимого для обеспечения работы автоматизированной системы учета музейных предметов, которые позволят оптимизировать работу по учету и хранению музейных предметов в КАМИС и по внесению данных о музейных предметах в Государственный каталог Музейного фонда Российской Федерации. Приобретено новое мультимедийное оборудование для осуществления выставочной деятельности, закуплены профессиональные витрины и подиумы и мобильные кондиционеры, приобретенные стенды позволят организовывать мобильные выставки под открытым небом на открытых площадках. Также закуплено оборудование для посетителей с ограниченными возможностями здоровья.
До 1994 года в северном корпусе Десятинного монастыря находились творческие мастерские, где работали иконописцы, мастера резьбы по дереву, живописцы, художники по керамике.
С 18 марта 1994 года - Государственное учреждение культуры и искусства "Новгородский областной учебно-производственный Центр художественного творчества".
С 30 ноября 2002 года - Государственное учреждение культуры и искусства «Государственный музей художественной культуры Новгородской земли».
С 19 сентября 2011 года и по настоящее время - Государственное бюджетное учреждение культуры и искусства «Государственный музей художественной культуры Новгородской земли».